Дворец наконец-то стал обитаем в 1833 г., когда здесь разместили военную академию. Тогда же к зданию была пристроена обзорная башня по прозвищу ʺвысокий рыцарьʺ (caballero alto). Во время вторжения американцев в Мексику за обладание дворцом развернулась ожесточённая схватка, известная как битва при Чапультепеке. Резиденцию защищали, помимо солдат регулярной армии, двести кадетов в возрасте от 13 лет (т.н. дети-герои). В 1864 г. император Максимилиан Габсбург облюбовал дворец в качестве своей загородной резиденции. Он привлёк нескольких европейских и мексиканских архитекторов к перепланировке дворца в модном стиле неоклассицизма. На крыше здания ботаник Вильгельм Кнехтель разбил сад. От дворца к столице был проложен Променад Императрицы (ныне — бульвар Пасео-де-ла-Реформа, центральная городская магистраль). После казни императора во дворце несколько лет действовала Мексиканская национальная астрономическая обсерватория, затем до 1939 г. он служил резиденцией президентов Мексики. Ныне здесь помещается главная экспозиция Национального исторического музея.
