Вскоре после основания монастырь попал под покровительство богатого ярославского купца Егора Третьяка Лыткина. По его инициативе в 1629 году сюда была перенесена икона Грузинской Божьей Матери, после чего монастырь стал привлекать многочисленных богомольцев. Лыткин делал в монастырь богатые вклады деньгами, церковной утварью, богослужебными книгами (пожертвовал более 100 книг, причём 73 из них были переписаны им самим). Лыткин выстроил в монастыре по своему плану новую церковь.
Особо часто любил посещать Красногорский монастырь сосланный на житье в Пинегу князь Василий Васильевич Голицын. После смерти в Пинеге в 1714 году князь захоронен на территории монастыря. В 1920 году Красногорский монастырь был разорён и закрыт. Эта же участь постигла книги и церковную утварь, принадлежавшие обители. Судьба обеих монастырских икон — Грузинской и Владимирской — неизвестна. Правда, в отчете в Московскую Патриархию архиепископа Архангельского Леонтия, датированном 1946 годом (по данным Д. Иванова), упоминается о том, что ʺГрузинскуюʺ икону носили во время крестного хода, который совершался в 1946 г. в Архангельске. Однако дальнейшая судьба этого чудотворного образа неизвестна. В зданиях монастыря располагалась коммуна, потом — лагерь отдыха для детей. До 1990-х годов в уцелевших монастырских постройках размещался психоневрологический интернат. В церкви сохранилось пара фресок. В 2006 году были восстановлены жилое здание монастыря, его пристройки и обустроена прилегающая территория (в основном для нужд туристического комплекса ʺКрасная Горкаʺ). Через некоторое время восстановленные корпуса пострадали от пожара.
Использованы фотоматериалы с сайтов: pinezhye.info; sobory.ru; static.panoramio.com; ic.pics.livejournal.com; portal-preobrazenie.ru