Это геологическое образование возникло благодаря сложному карстовому процессу – растворению горных пород – в течение которого вода, проделывая себе ходы в известняковых породах, разрушала их и создавала впадины. В центре пещеры Мелиссани находится изумительно-красивое подземное озеро, возраст которого достигает 20 тысяч лет. Купол пещеры разрушился в результате землетрясения еще 4 тысячи лет назад. С тех пор солнечные лучи, попадая внутрь и преломляясь в водной толще пещерного озера, придают ей необыкновенно яркую синеву и озаряют светом до самого дна.
Даже на максимальной глубине – 14 метров - можно рассмотреть дно водоема. Из-за своей восхитительной и сказочной атмосферы, которая скрывалась от глаз людских, древние люди ее считали обителью нимф и ее использовали для проведения религиозных церемоний. Сама пещера внутри густо украшена сталагмитами и сталактитами, вход в пещеру утопает в зеленых растениях и вокруг нее стоит густой лес. Чтобы попасть в пещеру нужно заплатить небольшую сумму, там же можно купить сувениры, затем спуститься по узкому коридору к маленькому причалу, возле которого плавают лодки, набрав небольшую группку, лодочник отправляет вас в незабываемое путешествие вглубь пещеры Мелиссани которая никого не оставит без ярких впечатлений.