Замок построен в начале XII века королем Шотландии Александром II, для защиты от викингов. С той поры Эйлен-Донан оставался важнейшей крепостью МакКензи вплоть до 1719 года, когда замок был разрушен. В 1911 году замок купил Джон Мак-Рэй-Гилстрап и начал проект реставрирования. Спустя 20 лет проект был закончен. Реконструкция в том числе включала в себя сооружение каменного моста, соединившего остров с берегом озера. По сей день клан Мак-Рэй живёт в шести комнатах, отведенных для них в замке. В настоящее время замок открыт для посетителей с 1 марта по 2 ноября.