Ныне Капелла — музей, выдающийся памятник Возрождения. Прямоугольное в плане помещение с росписями стен, выполненными в 1481—1483 годах Сандро Боттичелли, Пинтуриккьо и другими мастерами по заказу Сикста IV. В 1508—1512 годах Микеланджело расписывал свод с люнетами и распалубками, по заказу папы Юлия II. А в 1536—1541 годах Микеланджело расписывал алтарную стену — фреска ʺСтрашный судʺ, по заказу папы Павла III.
С конца XV века, в Капелле проходят Конклавы - выборы Папы Римского. Первым Конклавом, прошедшим в Капелле, был Конклав 1492 года, на котором был избран Александр VI. При Сикстинской капелле функционирует мужской хор (включая хор мальчиков), известный как папская капелла — один из наиболее значительных профессиональных хоров католической церкви. Фрески Сикстинской капеллы несколько раз подвергались реставрации, самая последняя из которых проводилась с 1980 по 1994 год. Эта последняя реставрация оказала глубокое влияние на любителей искусства и историков, вызвав противоречивые отклики, критику и споры.