Средняя глубина равна 17 метрам. На озере имеется несколько островов. Самый крупный, Пахоа, возник из светлой вулканической магмы. Второй по величине остров, Негит — также вулканического происхождения, возник около 2000 лет назад. В связи с резким обмелением озера Моно в середине ХХ века, Негит из острова превратился в полуостров. В прошлом озеро Моно занимало значительно большую площадь. Однако, в результате проводимой с конца 1920-х по середину 1990-х годов программы обеспечения Лос-Анджелесского мегаполиса водой путём отбора её из местных рек, уровень озера Моно резко снизился (к 1994 году — на 15 метров) — настолько, что обнажились находившиеся под водой известково-туфовые башни, одно из природных чудес озера. Лишь в 1994 году была принята программа по сохранению уникального озера, после чего уровень воды в нём стал постепенно подниматься. В настоящее время содержание соли в водах Моно составляет 69 г/л (для сравнения, в океане этот показатель составляет 31,5г/л). В связи с высокой солёностью в озере Моно не живёт рыба, попытка её расселения не увенчалась успехом.
