Музей находится в историческом здании (оборонительной башне ʺДонаʺ), восстановленном после войны, и является частью бывшего внутреннего вального укрепления Кёнигсберга. Экспозиция музея размещается в 28 залах общей площадью более тысячи квадратных метров. В музее собраны уникальные куски балтийского самоцвета (самородок весом 4 кг 280 г — самый крупный в коллекции Музея янтаря), а также более двух тысяч художественных изделий из него, в том числе и фрагменты восстановленной Янтарной комнаты. В музее имеются диорамы древнего ʺянтарного лесаʺ и карьера по добыче янтареносной ʺголубой землиʺ, множество кусков (более тысячи) янтаря с инклюзами мезозойских растений и животных, в том числе ящерицы. Показан весь спектр цветов янтаря от белого до чёрного. Выставлены также янтарные изделия IV—V веков нашей эры, найденные археологами на территории области, работы немецких мастеров, переданные из Оружейной палаты. С 2003 года музей проводит конкурс изделий из янтаря ʺАлатырьʺ.
Использованы фото с сайтов: http://www.neizvestniy-geniy.ru, http://kvartirka.com, http://voxxter.ru, http://ivannovikov.livejournal.com.