Монастырь был упразднен в 1841 году и приписан к Михайло-Архангельскому монастырю. Вновь открылся в 1912 году в качестве женской обители. В 1925 году упразднён. Троицкий собор с иконостасом как памятник архитектуры закреплен за музеем, остальные монастырские постройки использовались под колонию для беспризорников, детский дом-изолятор, пересыльный пункт для раскулаченных, дом инвалидов, дом для престарелых. С начала 1980-х годов архитектурный комплекс Троице-Гледенского монастыря работает в музейном режиме.
