Памятник Всемирного наследия с 1980 года. Начало сооружения Хал Сафлиени относится к 4000 г. до н. э., либо несколько более раннему периоду, так как в сооружении была обнаружена керамика периода Гхар Далам. Гипогей — древнейший подземный храм в мире — был случайно обнаружен строителями при проведении канализации в 1902 году. Первоначально находка не получила огласки (обнаружившие гипогей строители, хотя быстро поняли, что имеют дело с древним сооружением, использовали искусственную пещеру в качестве свалки строительного мусора), однако ею заинтересовался иезуитский отец Эммануил, который первым и начал раскопки. Несмотря на сходство в устройстве с расположенными на поверхности мегалитическими храмами Мальты, предполагают, что в гипогее на протяжении многих столетий функционировал общинный могильник. Древние обитатели Мальты вырубали в породе всё новые коридоры и гроты, в которых хоронили своих мёртвых. Таким образом, общая площадь подземного комплекса составила 480 квадратных метров, в древние времена здесь могло быть похоронено 6-7 тысяч человек. В 1992—1996 годах гипогей находился на реставрации и был закрыт для посещения. В настоящее время в него допускается не более 80 туристов в сутки, что требует от них заблаговременного заказа экскурсии. После реконструкции гипогей был оборудован современным фойе с видеозалом и кафе, металлическими лестницами, перегородками и системой освещения. Вход более чем в половину помещений для туристов сейчас закрыт. Фотографировать в гипогее по неясным причинам строго запрещено даже без вспышки.
