Спущена на воду 25 декабря 1939 года, вступила в строй 20 октября 1941. 30 октября 1941 года присвоен тактический номер и подводная лодка вошла в состав Тихоокеанского флота. 31 октября 1941 года на борту поднят флаг Военно-Морского Флота Советского Союза. За годы войны С-56 совершила 8 боевых походов, произвела 13 атак с выпуском 30 торпед, потопив 4 корабля (2 боевых корабля и 2 транспорта) и повредив один, на подводную лодку было сброшено свыше 3 тысяч глубинных бомб. 31 марта 1944 года за боевые заслуги лодка С-56 награждена орденом Красного Знамени. 23 февраля 1945 года субмарина удостоена Гвардейского звания. За время Великой Отечественной Войны С-56 19 раз объявлялась погибшей. С-56 является самой результативной советской подводной лодкой в Великой Отечественной войне по количеству достоверно потопленных целей, при этом по потопленному тоннажу она значительно уступает С-13 и Л-3. После Второй мировой войны продолжила службу на Северном флоте. В период 10 июля — 5 октября 1954 года совершила межфлотский переход в надводном положении в составе ЭОН-64 по Северному морскому пути из Екатерининской гавани в бухту Тарья (Камчатка), а затем во Владивосток, тем самым первой из советских подводных лодок совершив кругосветный поход. Сейчас С-56 — филиал Военно-исторического музея Тихоокеанского флота. Вместе со сторожевым кораблём ʺКрасный вымпелʺ (бывшая паровая яхта ʺАдмирал Завойкоʺ) входит в мемориальный комплекс ʺБоевая слава Тихоокеанского флотаʺ. Внутренние помещения ПЛ переоборудованы под музей. В кормовой части ПЛ механизмы демонтированы, расположена экспозиция, посвящённая подводным силам Тихоокеанского флота. В центральной и носовой части отсеки ПЛ сохранены, на стеллажах в первом отсеке размещён торпедный боезапас. Действующий перископ. На С-56 проходит ежедневно церемония подъёма и спуска Военно-Морского флага СССР. На гюйсштоке ПЛ поднимается Гюйс ВМФ СССР, на флагштоке — Краснознамённый Гвардейский Военно-Морской Флаг СССР. На палубной надстройке ПЛ изображена Красная Звезда, российская символика на лодке отсутствует.