В 1931 году собор был закрыт, но не разрушен, здание использовалось в складских целях. Вновь открыт храм был не как большинство церквей в конце 1980-х или 1990-е годы, а уже в 1945 году. Сегодня Богоявленский собор является главным действующим храмом Вышнего Волочка, духовным оплотом православных горожан и одной из главных достопримечательностей города. До 1984 года в нём пребывала чудотворная Андрониковская икона Божией Матери (украдена). В храме в иконостасе и киотах сохранились иконы XVII—XVIII веков, в том числе резной образ Николы Можайского, а также Богородичные иконы — Иверская, Выдропужская и именуемые ʺСкоропослушницаʺ, ʺУтоли Моя Печалиʺ, ʺВсех Скорбящих Радостьʺ.
