Строительство музея продолжалось более 20 лет под руководством испанского архитектора Хуана де Вильянуэва. Первая коллекция музея Прадо насчитывала более 300 картин, сейчас здесь хранится свыше 8 тысяч полотен (из-за нехватки места выставлено лишь около 2 000 работ), более 400 скульптур и произведений ювелирного искусства. Произведения в залах итальянской живописи датируются периодом от раннего Возрождения (Фра Анджелико, Мантенья, Боттичелли) до XVIII в (Тьеполо). На 0-м этаже главным центром выставки являются картины Рафаэля. Картины Караваджо и Джентилески расположены на первом этаже. Творения художников венецианской школы — Тициана, Тинторетто, Веронезе и Бассано — образуют один из самых насыщенных живописных ансамблей Прадо. Многие картины итальянских мастеров были приобретены королями Карлом V, Филиппом II и в особенности Филиппом IV. Особенно приобретались картины художников из Венеции. В музее проводятся тематические выставки. Например, в 2003 г. проводилась выставка произведений Тициана из музеев мира, а в 2006 г., к 25-летию возвращения ʺГерникиʺ Пикассо на родину проводилась выставка произведений художника в помещении музеев Прадо и королевы Софии. Периодически картины из музея экспонируются на выставках в других странах. Так, в 2006 г. в Будапеште проходила выставка ʺ500 лет испанской живописиʺ, где существенную часть экспозиции составляли картины из Прадо. В 2011 г. проходила выставка Прадо в Эрмитаже (Санкт-Петербург).
