После вступления Александра I на императорский престол кладбище было закрыто, захоронения перенесены на Смоленское православное кладбище. После постройки Каменноостровского дворца церковь была передана ему. В советское время церковь была закрыта в марте 1938 года. Всё церковное имущество бесследно пропало. Пока церковь стояла закрытой в ней размещались разные предприятия. Она была возвращена приходу в 1989 году, а в ноябре 1990 в ней возобновились богослужения. Иоанновская церковь является ярким примером псевдоготического стиля и издалека по виду напоминает католический костёл. Она представляет собой неоштукатуренное здание из красного кирпича с остроконечным стрельчатым куполом серого цвета. Над входом возвышается колокольня, состоящая из одного яруса, в котором располагается звонница. Доминирующим готическим архитектурным элементом церкви являются зарешеченные стрельчатые окна, в такой же форме выполнен козырёк над входом. Внутренние помещения перекрывают сомкнутые стрельчатые готические своды. Деревянный иконостас также слегка стилизован под готику. Часовня иконы ʺВсецарицаʺ, имеющая отношение к церкви, расположена на берегу Большой Невки. Изначально нынешнее здание часовни служило вахтой Ушаковского моста, затем оно было передано церкви и перестроено в её стиле. Часовня представляет собой круглое здание из красного кирпича на круглом ступенчатом основании, на стене имеются готические стрельчатые окна, повторяющие формой окна церкви. Вместо купола у часовни имеется почти плоская крыша серого цвета, по центру которой расположен кирпичный цилиндр, увенчанный луковичной маковкой с крестом. После дуэли с Дантесом на Черной речке здесь остановился экипаж со смертельно раненым Александром Пушкиным. Поэта внесли в помещение церкви для оказания помощи и более тщательного осмотра раны. Пушкин и его секунданты пробыли здесь около получаса.
Использованы фотоматериалы с сайтов: static.panoramio.com; globus.aquaviva.ru; img-fotki.yandex.ru
