Мужской монастырь был заложен на холме, прозванном Сион. На строительные работы, для производства которых ʺтребовалось огромное количество как квалифицированных мастеров, так и подсобной рабочей силыʺ, были привлечены монастырские крестьяне, в том числе и из отдалённых вотчин. При Никоне на территории монастыря был возведён комплекс традиционных для русского зодчества деревянных сооружений. В 1656 году построена деревянная Воскресенская церковь с трапезной, келарской и служебными помещениями. Воскресенский собор был заложен в сентябре 1658 года. В XVII веке в монастыре существовала библиотека, собранная по инициативе Никона. Её основу составили личные книги патриарха, переданные им в 1661 году монастырю, в том числе греческие рукописи из афонских монастырей с текстами античных и раннехристианских авторов. Во второй половине XVII века в монастыре сложилась музыкально-поэтическая школа, продолжающая традиции канта — польско-украинского духовного песнопения. Монастырь в XIX — начале XX века стал одним из центров русского паломничества; с постройкой железнодорожной линии Москва-Виндава число посетителей возросло. За оградой монастыря каменные сооружения сменили деревянные гостиницы для богатых паломников и странноприимный дом — для неимущих, построено монастырское училище. К 1913 году монастырь ежегодно посещало около 35000 человек. В 1919 году монастырь был закрыт. С 1921 года на его территории работало два музея: Художественно-исторический и родного края, которые в 1922 году объединились в Государственный художественно-исторический музей. В его коллекцию вошли предметы из монастырских храмов и ризницы, экспонаты Музея памяти патриарха Никона, картины из художественной галереи, расположенной в Трапезных палатах, материалы археологических раскопок, предметы из усадеб западной части Московской губернии. В 1941 году во время Великой Отечественной войны минёры немецко-фашистской дивизии СС ʺРайхʺ взорвали Воскресенский собор. Многие архитектурные памятники были уничтожены. В 1959 году музей возобновил работу; сооружения монастыря восстановлены, за исключением основной архитектурной доминанты — исполинской ярусной звонницы XVII века. 10 ноября 1993 года Патриарх Алексий II подписал ʺУдостоверениеʺ своему представителю архимандриту Никите (Латушко), которому поручалось ведение переговоров с властями Московской области, Истринского района и руководством музея ʺНовый Иерусалимʺ о возвращении монастыря. В 1994 году возобновлён Ставропигиальный Воскресенский Ново-Иерусалимский мужской монастырь. 18 июля 1994 года Священный Синод Русской православной церкви утвердил архимандрита Никиту наместником возрождающегося монастыря. В 2014 году рядом с Воскресенским собором была восстановлена уничтоженная в советское время колокольня и установлены новые колокола. Реставрационные работы в монастыре планируется закончить в 2016 году.
